Walaupun Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ART) mencatat Muhammadiyah berdiri pada tahun 1912, organisasi ini pada awalnya hanya diizinkan beraktivitas dakwah di wilayah Karesidenan Yogyakarta hingga sebelum 1914.

Statuten pertama tahun 1912 menuliskan pada Pasal 1 huruf (a) bahwa tujuan utama adalah "menyebarkan pengajaran agama Nabi Muhammad SAW kepada penduduk Bumiputera di dalam residensi Yogyakarta".

Pada tahun 1914, Statuten direvisi menjadi "memajukan dan menggembirakan pengajaran serta pelajaran agama Islam di Hindia Belanda", namun izin resmi untuk membuka cabang di luar Yogyakarta baru diberikan pada 2 September 1921.

Sebelum mendapat persetujuan pemerintah, Kiai Ahmad Dahlan sudah memprakarsai penyebaran Muhammadiyah di luar Yogyakarta, antara lain dengan mendirikan kelompok pengajian Siddiq Amanah Tableg Vathonah (SATV) di Surakarta pada tahun 1917.

Menurut Ensiklopedi Muhammadiyah (2015), pada 7 Mei 1921 organisasi mengajukan permohonan resmi kepada Pemerintah Hindia Belanda untuk mendirikan cabang di luar Yogyakarta.

Berita Bataviaasch Nieuwsblad tanggal 10‑03‑1922 mencatat bahwa setelah Rapat Umum (Algemene Vergadering) di Yogyakarta, Muhammadiyah segera membentuk perwakilan di berbagai wilayah Jawa.

Ekspansi ke Seluruh Indonesia dan Luar Negeri

Tak lama setelah itu, pada awal 1920‑an, cabang-cabang Muhammadiyah mulai muncul di Sumatra dan Kalimantan (1930), Sulawesi (1926), Nusa Tenggara (1940), Ambon (1933), serta Papua (1926).

Pergerakan ini didorong oleh guru, pegawai, pedagang, bahkan pejuang asal Jawa, serta kontribusi signifikan dari tokoh‑tokoh Sumatra Barat; nuansa Minang pun terasa kuat di Muhammadiyah Sulawesi Selatan.

Di Papua, peran penting dimainkan oleh Teuku Bujang Selamat, seorang pejuang Aceh yang diasingkan ke Digul pada 1922 dan kemudian menyebarkan ajaran Muhammadiyah di wilayah yang kini menjadi Provinsi Papua Selatan.

Beberapa warga Muslim Alabio dari Hulu Sungai Utara, seperti Jaferi Umar dan Usman Amin, juga dikirim ke Surabaya dan selanjutnya ke Yogyakarta untuk mempelajari gerakan ini, lalu kembali membawa ilmu tersebut ke daerah asal mereka.

Saat ini Muhammadiyah telah hadir di setiap provinsi Indonesia dengan total 38 Pimpinan Wilayah Muhammadiyah (PWM), termasuk provinsi baru seperti Papua Selatan, Papua Tengah, Papua Pegunungan, dan Papua Barat Daya.

Di kancah internasional, struktur luar negeri dikenal sebagai Pimpinan Cabang Istimewa Muhammadiyah (PCIM). PCIM pertama berdiri di Mesir pada tahun 2002, berawal dari Ikatan Keluarga Muhammadiyah (IKM) yang terbentuk sejak 1996.

Hingga kini, jaringan PCIM tersebar di 30 negara, dengan Timor Leste menjadi anggota terbaru. Empat PCIM telah diakui secara resmi oleh negara tempatnya beroperasi: Jerman, Amerika Serikat, Malaysia, serta Inggris dan Irlandia yang diakui oleh Dewan Muslim Inggris.